El sitio arqueológico también es conocido como Tlapacoya-Zohapilco, y su importancia se debe a la evidencia arqueológica del cultivo temprano de plantas durante el Protoneolítico.
Entre el 5,500 y 3,500 a.C. Zohapilco contaba con bosques y predominaba un clima templado. Entre los animales de la región figuraban el venado, el conejo, el perro o coyote, ratón de campo, aves acuáticas, tortugas, anfibios comestibles como el ajolote y una gran cantidad de peces.
El cultivo de amarantáceas, quenopodiáceas y del zea, era obtenido a través de una actividad hortícola que complementaban la dieta de estos grupos humanos.
La rica, variada y segura obtención de recursos naturales, permitía un modo de vida en agrupamientos estables mucho antes de la existencia de una agricultura realmente rentable.
Entre los 3,500 y 2,500 a.C. hay una o varias erupciones volcánicas en la Cuenca de México, que determinan ligeros cambios climáticos, un empobrecimiento de la flora y disminución de los mamíferos; y a su vez un periodo de desocupación.
Formativo
El sitio volvió a ser ocupado para el formativo temprano. La alimentación de estos grupos humanos se basaba en los consumos de calabaza, chayote, quenopodiáceos, amarantáceas y maíz. Además de cérvidos, pato, pescado blanco, tortugas y anfibios, que se sumaban a su dieta.
En Zohapilco se halló una figurilla antropomorfa en barro cocido fechada para el 2,300 a.C., siendo la figurilla más antigua en Mesoamérica.
Del 2,000 al 1,400 a.C. el sitio fue abandonado para volver a ser re ocupado en el formativo temprano, entre 1400 y 1250 a.C. Esta nueva gente que habitó Zohapilco, tuvo una vida aldeana con una economía de subsistencia agrícola.
A partir del formativo Medio el cultivo de maíz adquiere mayor importancia para la vida de las comunidades y a partir del 1000 a.C. comienza el auge de su producción. Zohapilco tiene contacto con otras regiones como Oaxaca, Puebla y con el Golfo de México (Olmecas). A principios del Formativo Tardío el sitio de Zohapilco tiene una ocupación muy densa. Y a finales del Formativo Tardío y principios del Terminal, el sitio forma parte del asentamiento de Tlapacoya, siendo una ocupación periférica.